آیت‌الله یزدی در دیدار با رئیس بسیج اساتید و نخبگان حوزه‌ی علمیّه گفته‌اند:
بعضی اگر یک روزی رسما اعلام مرجعیت کنند، اگر زنده باشم، رسماً جلویش را می‌گیرم … واقعا در حوزه چه کسی باید با این مساله برخورد کند؟! نوه‌ی مرجع بودن که دلیل شرعی برای مرجعیت نیست؛… اگر کسی توان علمی او محرز نشود و وارد این عرصه شود، مجبور می‌شوم رسما اعلام کنم که ایشان حق ادعای مرجعیت ندارند؛ مگر می‌شود هر روز یک نفر ادعای مرجعیت کند. اگر چنین فردی تابلو هم بزند، تابلویش را پایین می‌آوریم؛ هیچ تعارفی هم نداریم، چون مرجعیت نمی‌تواند بازیچه باشد. چهار، پنج مرجع داریم که از طرق شرعی مرجع شده‌اند، کافی هستند. همه که نباید فقیه و مرجع بشوند… صیانت از مرجعیت باید رعایت شود.
نهاد مرجعیّت همواره در کانون تحوّلات سیاسی، اجتماعی، و مذهبی شیعه بوده است. قدرت و اعتبارِ بدون منازع این نهاد سبب شده است که جریان‌های سیاسی و اجتماعی، به میزانی که بتوانند خود را به این نهاد منتسب کنند، از مشروعیّت و تأثیرگذاری برخوردار شوند. مردمی بودن این نهاد و استقلال آن از قدرت، همواره بر اقتدار عالمان شیعی می‌افزوده است؛ به گونه‌ای که حتّی خودکامه‌ترین رهبران و پادشاهان ممالک شیعی هم می‌دانستند کم‌ترین دگرگونی سیاسی و اجتماعی در قلمرو رهبری آنان اگر از تایید و یا دست‌کم عدم مخالفت عالمان شیعی برخوردار نباشد، ناقص خواهد ماند.
در میان شیعیان هیچ وقت، وفاداری مذهبی به معنای وفاداری به تاج و تخت و ضوابط برساخته‌ی حاکمان نبوده است. مشروعیّت مردمی مراجع دینی به گونه‌ای بود که مذهب در خلوص و سرسپردگی به فرمان مراجع نمود و معنا داشت. نفوذ عاطفی و دیرپای مراجع شیعه در میان شیعیان سبب شده بود که حتّی گرایش‌های مخالف این نهاد، تلاش کنند تفسیر مورد تایید مراجع را مبنای کنش‌های مذهبی حاکمان بدانند.
برای کسانی که هم‌زمان، از پیشنه‌ی حوزه‌ی علمیّه یک آگاهی نسبی دارند و هم از پیشینه‌ی نهاد مرجعیّت آگاهند، به خوبی روشن است که سخنانِ منتسب به آیت‌الله یزدی با گفتمانِ تاریخیِ این نهاد ناسازگار است. این نهاد قرن‌هاست که به گونه‌ای کاملاً انتخابی و مردم‌باور قافله‌دار ایمان شیعی و مایه‌ی انسجام شیعیان است. این درست است که اجتهاد و شایستگی علمی عالمان حوزوی را استادان‌شان تجویز و اعلام می‌کرده‌اند، ولی مرجعیّت عالمان حوزوی کاملاً مردمی بوده است و به هیچ کانون مشروعیّت‌بخشی معطوف نیست. سخن گفتن از تعیین مرجع تقلید به معنای نفی و انکار ماهیّت این نهاد است.
