یکی از موضوعات مورد اهتمام گروه تاریخ و تمدن دانشگاه باقر العلوم علیه السلام واکاوی روش تاریخ‌نگاری مورخان شیعه و نیز اندیشه تاریخی مفسران، محدثان، متکلمان، فقها و دیگر دانشمندان غیرمورخ شیعه است. مراد از اندیشه تاریخی درک و تفسیر آنها از چیستی، اهمیت، ابعاد، جایگاه و چگونگی کاربست دانش تاریخ و یا آگاهیهای تاریخی در رشته تخصصی مورد اهتمام آنهاست.
در این چارچوب سرکار خانم حورا بحرانی که خویشاوندی سببی با مرحوم آیت‌الله محمدهادی معرفت دارند پیشنهاد بررسی اندیشه تاریخی ایشان را به عنوان موضوع پایان‌نامه خود پذیرفتند. این پایان‌نامه با راهنمایی اینجانب و مشاوره حضرت حجت الاسلام و المسلمین آقای دکتر رستم‌نژاد نوشته شد و داوری آن را سرکار خانم دکتر زهرا روح‌الهی امیری برعهده داشتند.
فصل اول این رساله افزون بر مباحث متعارف فصل اول پایان‌نامه‌ها به بیان زندگی‌نامه مرحوم آیت‌الله معرفت اختصاص یافته است. این زندگی‌نامه به دلیل استناد به مصاحبه‌هایی نو و ویژه با بستگان آن استاد فرزانه به ویژه همسر مکرم ایشان می‌تواند مهم شمرده شود. متن کامل مصاحبه‌ها نیز پیوست پایان‌نامه است. بخشی دیگر از مباحث این فصل به معرفی آثار آیت الله معرفت در چهار دسته علوم قرآنی، تفسیر، آثار فقهی و آثار متفرقه اختصاص یافته است.
فصل دوم پایان‌نامه با عنوان مباحث نظری تاریخ از دیدگاه آیت الله معرفت به بررسی مؤلفه‌هایی مانند عامل حرکت تاریخ، قانونهای تاریخی و سنتهای الهی و غایت تاریخ در آثار ایشان اختصاص یافته است.
نقطه کانونی فصل سوم مباحث معرفتی تاریخ از دیدگاه آیت الله معرفت است و مهمترین محورهایی که در آن مورد بررسی قرار گرفته، عبارتند از: عوامل شناخت بهتر تاریخ، موانع شناخت بهتر تاریخ، واقع‌گرایی گزاره‌های وحیانی، هرمنوتیک و تاریخ، و تاریخمندی متون دینی.
و در فصل چهارم که به بررسی مباحث مربوط به تاریخ‌نگاری از دیدگاه آیت الله معرفت اختصاص یافته، مطالبی گوناگون به چشم می‌خورد که مهمترین آنها چنین است: ملاک گزینش داده‌ها از سوی مورخ، سنجش و گزینش داده‌ها، نقد درونی و بیرونی داده‌ها، تجریه و تحلیل داده‌ها. در این فصل همچنین منابع تاریخی مورد استناد در کتاب التمهید فی علوم القرآن در قالب پانزده نمودار مورد بررسی قرار گرفته است. این نمودارها به مباحثی همچون فراوانی ارجاع، قرن وفات نویسنده، موضوعات ارجاع داده شده به صورت کلی و یا در برخی منابع برگزیده اختصاص یافته است.
پایان‌نامه با بحثی در باره کاربرد تاریخ در علوم قرآنی که خود چند محور فرعی دارد و می‌توان آن را به مثابة نتیجه‌گیری از همه مطالب دانست، به انجام رسیده است.
